大型發酵罐在使用過程中必須認真考慮如何才能符合可驗證的清潔除菌要求。所以在規劃時必須考慮到的很重要的一點就是如何能夠將無需拆卸的、自動的、就地清潔除菌系統（也叫CIP系統）設計到生產運行中。清潔除菌系統所需的流量和壓力取決于發酵罐的噴淋裝置和管線尺寸所決定的。靜止噴頭是最常用的噴淋裝置；但是，為了對付較重的來料，一些旋轉撞擊噴淋裝置也會被采用。多數標準的酵罐會有標準的噴淋裝置和連接管道機所需CIP的流量和壓力數據。
在采用CIP系統時，首先需要考慮的就是酒生產工藝和生產空間而言，是采用便攜式還是采用固定式的CIP系統。固定CIP系統可以有一個或兩個儲液罐的設計。如果運行速度更重的，具采用兩個儲液罐（一個溶液罐和一個漂洗罐）的系統將比采用一個儲液罐的系統更好。而盡管只有一個儲液罐，移動式的CIP系統則不需要固定管線可以使用軟管連接。所有的CIP系統需要一個或兩個水源。一般而言，預漂洗和化學清潔劑無需使用純水，但最后沖洗系統的水必須用純水（去離子水或注射用水）。
大型發酵罐CIP系統通常使用兩種加熱方式：
如果生產車間只有常溫水可用或如果有需要加熱的面積很大，一般會使用生產車間的蒸汽并通過無菌熱交換器間接加熱。
電子加熱設備。如果生產車間可提供60℃或更高溫度的水源，電加熱設備可以有效地提高和保持熱量。電加熱設備通常為便攜式CIP系統所采用，這樣可以避免連接蒸汽管道的麻煩。
由于CIP系統常常使用氣動閥門和氣動化工泵等裝置，所以生產車間需要提供壓縮空氣。壓縮空氣應能提供在100 PSI的氣壓下每分鐘20立方英尺（CFM）得空氣流量。
大型發酵罐CIP系統也必須配備適當實用的廢水排放系統，該廢水排放系統要能滿足等于CIP最高的循環流速（某些專門設計也許不受此限制） 和pH0-14及80℃高溫的廢液排放要求。
