為保證實驗室用小試發酵罐的良好衛生效果，應每兩個月從人孔進入發酵罐中，徹底清洗頂部死角及殘渣。入罐前由實驗室用小試發酵罐錐底泵入85～90℃的熱水至排氣管排出水，浸泡30～40min后，排掉，并降溫至8～9℃，備用。 清洗就是要盡可能地去除罐體、管道和設備表面上的污物。若清洗殺菌不徹底，設備內壁殘存的積垢和微生物的繁殖會削弱殺菌劑的作用。酵母和蛋白類雜質、酒花和酒花樹脂化合物以及啤酒石等，由于受靜電等因素作用，這些污物在設備內璧表面沉積，使小型釀酒設備表面變得粗糙，并給微生物生長提供了棲身之地。洗滌時必須去除微生物菌落。因為殺菌劑適于表面殺菌，對內部存活的細菌作用很小，容易造成再次污染。